O Laboratório da Água foi criado em 1997, numa época em que a valorização dos ecossistemas aquáticos era considerada quase exclusivamente ao nível da academia. Contribuiu assim para difundir a importância de uma gestão integrada da água e dos ecossistemas associados em toda a região do Alentejo. Por outro lado, em virtude das necessidades regionais, o LAUE começou a dar resposta às necessidades de controlo da qualidade da água para os diferentes usos, nomeadamente para o abastecimento público.